Ключевые слова
Молекулярная фитопатология, метагеномика, агробиотехнология, вирусы растений, бактерии растений, фитоплазмы, оздоровление растений

Направления исследований

• изучение распространения вирусов, бактерий, грибов, фитоплазм винограда, плодовых, ягодных, субтропических, декоративных, технических культур, лесных пород деревьев с использованием методов метагеномики
• разработка молекулярно-генетических методов идентификации фитопатогенов
• разработка диагностикумов для идентификации патогенов хозяйственно-ценных растений
• оздоровление и микроклональное размножение растений
• анализ виромов и микробиомов растений

Основные методы исследований

• молекулярно-биологические: выделение и анализ нуклеиновых кислот растений, бактерий, вирусов, клонирование фрагментов ДНК, ПЦР, ОТ-ПЦР, ПЦР в реальном времени, ИФА, секвенирование кДНК-библиотек и ампликонное секвенирование, мультилокусное типирование бактерий и грибов
• микробиологические: выделение чистой культуры бактерий из растений, их фенотипический и биохимический анализ
• фитопатологические: визуальная диагностика болезней растений, тестирование патогенности штаммов микроорганизмов, их устойчивости к химическим и биологическим веществам
• генная и клеточная инженерия растений: микроклональное размножение, агробактериальная трансформация, транзиентная экспрессия, оздоровление растений с использованием культуры in vitro
• биоинформатические и статистические: филогенетический анализ, популяционно-генетический анализ, анализ данных высокопроизводительного секвенирования, статистическая обработка данных лабораторных и полевых экспериментов, анализ виромов и микробиомов

Краткая история

С 2024 года группа выделена в качестве самостоятельного научного подразделения из группы биоинженерии растений (УНУ »Экспериментальная установка искусственного климата»).

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ

• Впервые в России проведено крупномасштабное изучение распространения и генетического разнообразия вирусов, бактерий и фитоплазм производственных насаждений винограда с использованием молекулярно-биологических методов  диагностики и методов метагеномики.
• Созданы базы данных распространения обнаруженных вирусов и бактерий в Крыму. Создана коллекция фитопатогенных вирусов и бактерий, обнаруженных на территории Крыма и Краснодарского края.
• В результате обследований виноградников Краснодарского края отобрано около 800 образцов с симптомами фитоплазмозов. Методом вложенной ПЦР обнаружена фитоплазма, с помощью RFLP in silico определена группа  Candidatus Phytoplasma solani, группа 16SrXII, которая отнесена к новой подгруппе.
• Разработаны тест-системы для диагностики вирусов винограда методами ОТ-ПЦР и ИХА.
• С помощью методов метагеномики определен видовой состав вирусов пяти коллекций генетических ресурсов винограда. Получены метавиромы 222 селекционно важных образцов винограда. Обнаружено 36 вирусов, среди которых 6 являются наиболее экономически значимыми. При этом 34 вируса обнаружены на территории России впервые. Открыто 8 новых вирусов, поражающих виноград, ранее не известных в мире.
• Проведено мультилокусное типирование изолятов Alternaria sp., вызывающих новое заболевание листовую пятнистость винограда, и изолятов Fusarium proliferatum, вызывающих усыхание генеративных органов винограда
• Изучен видовой состав патогенных бактерий винограда. Обнаружена патогенная бактерия рода Pseudomonas, не описанная ранее на российских виноградниках.
• Проведено популяционно-генетическое исследование дикорастущего винограда Причерноморья Vitis vinifera ssp. sylvestris и его вирома

СОСТАВ ГРУППЫ

1. 1. Belkina D, Karpova D, Porotikova E, Lifanov I, Vinogradova S. Grapevine Virome of the Don Ampelographic Collection in Russia Has Concealed Five Novel Viruses. Viruses. 2023; 15(12):2429. https://doi.org/10.3390/v15122429
   2. Vinogradova S, Porotikova E, Navrotskaya E, Galbacs ZN, Massart S, Varallyay E. The First Virome of a Russian Vineyard. Plants. 2023; 12(18):3292. https://doi.org/10.3390/plants12183292
   3. Shvets, D., & Vinogradova, S. (2022). Occurrence and genetic characterization of grapevine pinot gris virus in Russia. Plants, 11(8), 1061.
   4. Shvets D, Sandomirsky K, Porotikova E, Vinogradova S. Metagenomic Analysis of Ampelographic Collections of Dagestan Revealed the Presence of Two Novel Grapevine Viruses. Viruses. 2022; 14(12):2623. https://doi.org/10.3390/v14122623
   5. Shvets D, Porotikova E, Sandomirsky K, Vinogradova S. Virome of Grapevine Germplasm from the Anapa Ampelographic Collection (Russia). Viruses. 2022; 14(6):1314. https://doi.org/10.3390/v14061314
   6. Navrotskaya E, Porotikova E, Yurchenko E, Galbacs ZN, Varallyay E, Vinogradova S. High-Throughput Sequencing of Small RNAs for Diagnostics of Grapevine Viruses and Viroids in Russia. Viruses. 2021; 13(12):2432. https://doi.org/10.3390/v13122432
   7. Porotikova E, Terehova U, Volodin V, Yurchenko E, Vinogradova S. Distribution and Genetic Diversity of Grapevine Viruses in Russia. Plants. 2021; 10(6):1080. https://doi.org/10.3390/plants10061080
   8. Porotikova, E. V., Yurchenko, E. G., & Vinogradova, S. V. (2020). First Report of ‘Candidatus Phytoplasma solani’Associated with Bois Noir on Grapevine (Vitis vinifera) in Krasnodar Region of Russia. Plant Disease, 104(1), 277-277.
   9. Yurchenko, E. G., Savchuk, N. V., Porotikova, E. V., & Vinogradova, S. V. (2020). First report of grapevine (Vitis sp.) cluster blight caused by Fusarium proliferatum in Russia. Plant Disease, 104(3), 991-991.
   10. Porotikova, E. V., Dmitrenko, U. D., Yurchenko, E. G., & Vinogradova, S. V. (2019). First Report of Grapevine leafroll-associated virus 2 in Russian Grapevines (Vitis vinifera). Plant Disease, 103(1), 164-164.
   11. Zherdev AV, Vinogradova SV, Byzova NA, Porotikova EV, Kamionskaya AM, Dzantiev BB. Methods for the Diagnosis of Grapevine Viral Infections: A Review. Agriculture. 2018; 8(12):195. https://doi.org/10.3390/agriculture8120195
   12. Byzova NA, Vinogradova SV, Porotikova EV, Terekhova UD, Zherdev AV, Dzantiev BB. Lateral Flow Immunoassay for Rapid Detection of Grapevine Leafroll-Associated Virus. Biosensors. 2018; 8(4):111. https://doi.org/10.3390/bios8040111
   13. Porotikova, E. V., Dmitrenko, U. D., Atapina, E. E., Volkov, Y. A., Risovannaya, V. I., Stranishevskaya, E. P., … & Vinogradova, S. V. (2017). First report of the bacterial leaf spot caused by Pseudomonas syringae on grapevine (Vitis vinifera) in Russia. Plant Disease, 101(2), 380-380.
   14. Khazigaleeva, R. A., Vinogradova, S. V., Petrova, V. L., Fesenko, I. A., Arapidi, G. P., Kamionskaya, A. M., … & Ivanov, V. T. (2017). Antimicrobial activity of endogenous peptides of the moss Physcomitrella patens. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 43, 248-254.
   15. Sultanov, R. I., Arapidi, G. P., Vinogradova, S. V., Govorun, V. M., Luster, D. G., & Ignatov, A. N. (2016). Comprehensive analysis of draft genomes of two closely related Pseudomonas syringae phylogroup 2b strains infecting mono-and dicotyledon host plants. BMC genomics, 17, 307-318.
   16. Porotikova, E. V., et al. «First report of Grapevine virus A in Russian grapevines.» Plant Disease 100.12 (2016): 2541.
   17. Dmitrenko, U. D., Porotikova, E. V., Gorislavets, S. M., Risovannaya, V. I., Volkov, Y. A., Stranishevskaya, E. P., … & Vinogradova, S. V. (2016). First Report of Grapevine rupestris stem pitting-associated virus in Russia. Plant Disease, 100(12), 2542-2542.
   18. Ignatov, A. N., Khodykina, M. V., Vinogradova, S. V., Polityko, V. A., Kornev, K. P., & Mazurin, E. S. (2016). First report of Agrobacterium vitis causing crown galls of wine grape in Russia. Plant Disease, 100(4), 853.
   19. Ignatov, A. N., Khodykina, M. V., Vinogradova, S. V., Polityko, V. A., Pluschikov, V. G., & Kornev, K. P. (2016). First report of rhizogenic strains of Agrobacterium radiobacter biovar 1 causing root mat of cucumber and tomato in Russia. Plant Disease, 100(7), 1493-1493.