На базе ФИЦ Биотехнологии РАН действуют два Научных совета РАН:

1. Научный совет РАН по биотехнологии
2. Научный совет РАН по микробиологии

В задачу научных советов по важнейшим проблемам научных исследований входит, прежде всего, анализ состояния исследований по соответствующим областям и направлениям науки, участие в координации научных исследований, проводимых учреждениями и организациями различного ведомственного подчинения. Научные советы по важнейшим проблемам научных исследований состоят, как правило, при отделениях Академии.