Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН является учредителем журналов «Прикладная биохимия и микробиология» и «Микробиология» и ежегодника «Успехи биологической химии».

Журнал «Прикладная биохимия и микробиология» публикует оригинальные статьи по исследованиям в области биохимии и микробиологии, которые имеют или могут иметь практическое применение. К ним относятся исследования: ферментов и механизма ферментативных реакций, биосинтез низко и высокомолекулярных физиологически активных соединений, изучение их строения и свойств, биогенез и пути его регуляции, метаболизм продуцентов биологически активных соединений, биокатализ в органическом синтезе, прикладная генетика микроорганизмов, прикладная энзимология, белковая и метаболическая инженерия, биохимические основы фитоиммунитета, прикладные работы в области био и иммунохимического анализа, биодеградации ксенобиотиков, биосенсоры, биомедицинские исследования (без клинических испытаний).
Помимо экспериментальных работ публикуются описания принципиально новых методов исследования, обзорные статьи по отдельным проблемам, рецензии и хроника. Обзоры заказываются редколлегией журнала.

Журнал «Микробиология», основанный в 1932 году, публикует статьи по широкому кругу вопросов общей и прикладной микробиологии. Публикуются экспериментальные и теоретические статьи, краткие сообщения и обзоры современных достижений в различных областях микробиологии. Журнал откликается на события российской и мировой науки, печатает рецензии на новые книги.
Журнал «Микробиология» предназначен преимущественно для исследователей-микробиологов в академических и университетских центрах. Содержит информацию, полезную работникам промышленных, сельскохозяйственных, природоохранных учреждений. Может быть полезен медицинским микробиологам.

Ежегодник «Успехи биологической химии» освещает широкий круг проблем современной биохимии и физико-химической биологии. В ежегоднике опубликованы научные статьи по актуальным проблемам биохимии, молекулярной и клеточной биологии, вирусологии, фотобиологии, биофизики, биоинформатики, медицины и другим вопросам. Авторы обзоров — крупные специалисты в своей области, освещающие состояние проблемы в мировой науке.
Ежегодник входит в перечень журналов ВАКа, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертационных работ.