| № | Название коллекции | Лаборатория |
| 1 | Уникальная коллекция дрожжевых организмов, охватывающая весь спектр вариантов энергетического обмена дрожжей | Лаборатория биоэнергетики (Заведующий: проф., д.б.н. Юрина Н.П.) |
| 2 | Коллекция генетически-маркированных штаммов дрожжей Saccharomyces cerevisiae | Лаборатория молекулярной генетики (Заведующий: к.б.н. Александров А.И.) |
| 3 | Коллекция различных штаммов гриба-аскомицета Neurospora crassa | Лаборатория экологической и эволюционной биохимии (Заведующий: к.б.н. Дерябина Ю.И.) |
| 4 | Коллекция термофильных и термотолерантных видов дрожжей | Лаборатория экологической и эволюционной биохимии (Заведующий: к.б.н. Дерябина Ю.И.) |
| 5 | Коллекция микроорганизмов, способных к синтезу поли(оксиалканоатов) | Лаборатория биохимии азотфиксации и метаболизма азота (Заведующий: проф., д.б.н. Топунов А.Ф.) |
| 6 | Коллекция клубеньковых бактерий – симбионтов бобовых растений | Лаборатория биохимии азотфиксации и метаболизма азота (Заведующий: проф., д.б.н. Топунов А.Ф.) |
| 7 | Коллекция культур углеводородокисляющих бактерий (30 штаммов) | Лаборатория нефтяной микробиологии (Заведующий: д.б.н. Назина Т.Н.) |
| 8 | Коллекция галоалкалофильных бактерий | Лаборатория реликтовых микробных сообществ (Заведующий: д.б.н. Пименов Н.В.) |
| 9 | Коллекция галоалкалофильных цианобактерий | Лаборатория реликтовых микробных сообществ (Заведующий: д.б.н. Пименов Н.В.) |
| 10 | Коллекция омброфильных бактерий | Лаборатория реликтовых микробных сообществ (Заведующий: д.б.н. Пименов Н.В.) |
| 11 | Коллекция сульфатредуцирующих бактерий | Лаборатория реликтовых микробных сообществ (Заведующий: д.б.н. Пименов Н.В.) |
| 12 | Коллекция термофильных прокариот (собственные изоляты, в основном представляющие новые таксоны) | Отдел биологии экстремофильных микроорганизмов (Руководитель: член-корр. РАН Бонч-Осмоловская Е.А.) |
| 13 | Коллекция культур микроорганизмов (Ацидофильные серо- и железоокисляющие микроорганизмы; нитрифицирующие микроорганизмы) | Лаборатория хемолитотрофных микроорганизмов (Заведующий: к.б.н. Булаев А.Г.) |
| 14 | Коллекция культур микроорганизмов (метанотрофов, планктомицетов, ацидобактерий) из холодных ультрапресных местообитаний | Лаборатория молекулярной экологии и филогеномики бактерий (Заведующий: д.б.н. Дедыш С.Н.) |
| 15 | Коллекция мицелиальных грибов (представители родов Aspergillus, Blakeslea, Cunninghamella, Mucor) | Группа экспериментальной микологии (Заведующий: д.б.н. Терешина В.М.) |
| 16 | Коллекции уникальных бактерий: — Новые таксоны фототрофов (1 – семейство, 19 родов, 41 видов) + 5 видов хемотрофов); — Новые таксоны хемолитоавтотрофов (сероокисляющие и нитрифицирующие бактерии, и газотрофы: метано-, карбоксидо- и гидрогено-трофы) — описано более 80 новых видов, 35 новых родов, 1 новое семейство и 1 новый порядок; — 3 новых рода и 31 новый вид серо и железобактерий |
Лаборатория экологии и геохимической деятельности (Заведующий: д.б.н. Хижняк Т.В.) |
| 17 | Коллекция микроорганизмов представлена микроорганизмами, выделенными сотрудниками лаборатории и депонированными в российских и зарубежных коллекциях: DSM, ATCC, VKM, NBRC. — Acetobacterium bakii sp. npv.- DSM 8329 — A. paludosum sp. nov. – DSM 8237 — A. fimetarium sp. nov. – DSM 8238 — A. tundra sp. nov. – DSM 9173 — Soehngenia saccharolytica gen nov., sp. nov. – DSM 12858; ATCC BAA-502 — Clostridium amygdalinum sp.nov., — DSM 12857; ATCC BAA-501 — Desulfotomaculum carboxydivorans sp.nov – DSM 14880; VKM B-2319 — Methanomethylovorans thermophila sp. nov. – DSM 17232; ATCC BAA-1173; NBRC 107638 — Methanosarcina lacustris sp.nov. – DSM 13486; VKM B-2268 — Methanospirillum stamsii sp.nov. – DSM 26304; VKM B-2808 |
Лаборатория микробиологии антропогенных мест обитания (Заведующий: д.б.н. Литти Ю.В.) |
| 18 | Коллекция культур микроорганизмов крио банк UNIQEM | Лаборатория выживаемости микроорганизмов (Заведующий: д.б.н. Николаев Ю.А.) |
| 19 | Коллекционный фонд актинобактерий — продуцентов: антибиотиков, ферментов, пестицидов и других продуктов с высокой добавленной стоимостью | Лаборатория выживаемости микроорганизмов (Заведующий: д.б.н. Николаев Ю.А.) |
| 20 | Коллекция семян трансгенной свеклы | Группа биоинженерии растений (Руководитель: к.б.н. Камионская А.М.) |
| 21 | Коллекция семян трансгенного подсолнечника | Группа биоинженерии растений (Руководитель: к.б.н. Камионская А.М.) |
| 22 | Коллекция изолятов вирусов, бактерий, ассоциированных с растениями винограда, произрастающих в Республике Крым | Группа биоинженерии растений (Руководитель: к.б.н. Камионская А.М.) |